• Article  

      Can we use area per surfactant as a quantitative test model of specific ion effects? 

      Zemb, Th; Belloni, L.; Dubois, M.; Aroti, Andria; Leontidis, Epameinondas (2004)
      The three main currently proposed approaches for understanding specific ion effects are briefly described. In some experimentally well defined and simplified situations, one can decouple ion specificity effects from all ...
    • Article  

      Combination of CDF and D0 results on the W boson mass and width 

      Steinbrück, G.; Abazov, V. M.; Abbott, B.; Abdesselam, A.; Abolins, M.; Abramov, V.; Acharya, B. S.; Acosta, D.; Adams, D. L.; Adams, M. R.; Affolder, T.; Ahmed, S. N.; Akimoto, H.; Akopian, A.; Albrow, M. G.; Alexeev, G. D.; Alton, A.; Alves, G. A.; Amaral, P.; Ambrose, D.; Amendolia, S. R.; Amidei, D.; Anikeev, K.; Antos, J.; Apollinari, G.; Arnoud, Y.; Arisawa, T.; Artikov, A.; Asakawa, T.; Avila, C.; Ashmanskas, W.; Atac, M.; Azfar, F.; Azzi-Bacchetta, P.; Babintsev, V. V.; Babukhadia, L.; Bacchetta, N.; Bachacou, H.; Bacon, T. C.; Baden, A.; Badgett, W.; Baffioni, S.; Bailey, M. W.; Bailey, S.; Baldin, B.; Balm, P. W.; Banerjee, S.; de Barbaro, P.; Barbaro-Galtieri, A.; Barberis, Emanuela; Baringer, P.; Barnes, V. E.; Barnett, B. A.; Baroiant, S.; Barone, M.; Barreto, J.; Bartlett, J. F.; Bassler, U.; Bauer, D.; Bauer, G.; Bean, A.; Beaudette, F.; Bedeschi, F.; Behari, S.; Begel, M.; Belforte, S.; Bell, W. H.; Bellettini, G.; Bellinger, J.; Belyaev, A.; Benjamin, D.; Bensinger, J.; Beretvas, Andrew; Berge, J. P.; Beri, S. B.; Bernardi, G.; Bertram, I.; Berryhill, J.; Besson, A.; Beuselinck, R.; Bevensee, B.; Bezzubov, V. A.; Bhat, P. C.; Bhatnagar, V.; Bhattacharjee, M.; Bhatti, A.; Binkley, M.; Bisello, D.; Bishai, M.; Blair, R. E.; Blazey, G.; Blekman, Freya; Blessing, S.; Blocker, C.; Bloom, K.; Blumenfeld, B.; Blusk, S. R.; Bocci, A.; Bodek, A.; Boehnlein, A.; Bojko, N. I.; Bokhari, W.; Bolla, G.; Bolshov, A.; Bolton, T. A.; Bonushkin, Yu Ye; Borcherding, F.; Bortoletto, D.; Bos, K.; Bose, T.; Boudreau, J.; Brandl, A.; Brandt, A.; van den Brink, S.; Briskin, G.; Brock, R.; Bromberg, C.; Brooijmans, G.; Bross, A.; Brozovic, M.; Bruner, N.; Brubaker, E.; Buchholz, D.; Buckley-Geer, E.; Budagov, J.; Budd, H. S.; Buehler, M.; Buescher, V.; Burkett, K.; Burtovoi, V. S.; Busetto, G.; Butler, J. M.; Byon-Wagner, A.; Byrum, K. L.; Cabrera, S.; Calafiura, P.; Campbell, M.; Canelli, Florencia M.; Carithers, W.; Carlson, J.; Carlsmith, D.; Carvalho, W.; Cassada, J.; Casey, D.; Castilla-Valdez, H.; Castro, A.; Cauz, D.; Cerri, A.; Cerrito, L.; Chakraborty, D.; Chan, A. W.; Chan, K. M.; Chang, P. S.; Chang, P. T.; Chapman, J.; Chen, C.; Chen, Y. C.; Cheng, M. -T; Chekulaev, S. V.; Chertok, M.; Chiarelli, G.; Chirikov-Zorin, I.; Chlachidze, G.; Chlebana, F.; Cho, D. K.; Choi, S.; Chopra, S.; Christofek, L.; Chu, M. L.; Chung, J. Y.; Chung, W. H.; Chung, Y. S.; Ciobanu, C. I.; Claes, D.; Clark, A. G.; Clark, A. R.; Coca, M.; Connolly, A.; Connolly, B.; Convery, M.; Conway, J.; Cooper, J. M.; Cooper, W. E.; Coppage, D.; Cordelli, M.; Cranshaw, J.; Cronin-Hennessy, D.; Cropp, R.; Culbertson, R.; Cummings, M. A. C.; Cutts, D.; Dagenhart, D.; da Motta, H.; D'Auria, S.; Davis, G. A.; De, K.; de Cecco, S.; DeJongh, F.; de Jong, S. J.; Dell'Agnello, Simone; Dell'Orso, M.; Demarteau, M.; Demers, S.; Demina, R.; Demine, P.; Demortier, L.; Deninno, M.; Denisov, D.; Denisov, S. P.; de Pedis, D.; Derwent, P. F.; Desai, S.; Devlin, T.; Diehl, H. T.; Diesburg, M.; Dionisi, Carlo; Dittmann, J. R.; Dominguez, A.; Donati, S.; Done, J.; D'Onofrio, M.; Dorigo, T.; Doulas, Steven; Dudko, L. V.; Duflot, L.; Dugad, S. R.; Duperrin, A.; Dyshkant, A.; Eddy, N.; Edmunds, D.; Einsweiler, K.; Ellison, J.; Elias, John E.; Eltzroth, J. T.; Elvira, V. D.; Engelmann, R.; Engels Jr., E.; Eno, S.; Erbacher, R.; Erdmann, W.; Ermolov, P.; Eroshin, O. V.; Errede, D.; Errede, S.; Estrada, J.; Eusebi, R.; Evans, H.; Evdokimov, V. N.; Fan, Q.; Farrington, S.; Feild, R. G.; Ferbel, T.; Fernandez, J. P.; Ferretti, C.; Field, R. D.; Filthaut, F.; Fiori, I.; Fisk, H. E.; Flaugher, B.; Flores-Castillo, L. R.; Fortner, M.; Foster, G. W.; Fox, H.; Franklin, M.; Freeman, J.; Friedman, J.; Frisch, H.; Fu, S.; Fuess, S.; Fukui, Y.; Furic, I.; Galeotti, S.; Gallas, E.; Gallinaro, M.; Galyaev, A. N.; Gao, M.; Gao, T.; Garcia-Sciveres, M.; Garfinkel, A. F.; Gatti, P.; Gavrilov, V.; Gay, C.; Geer, S.; Genser, K.; Gerber, C. E.; Gerdes, D. W.; Gershtein, Y.; Gerstein, E.; Giagu, S.; Giannetti, P.; Ginther, G.; Giolo, K.; Giordani, M.; Giromini, P.; Glagolev, V.; Glenzinski, D.; Gold, M.; Goldschmidt, N.; Goldstein, J.; Gómez, B.; Gomez, G.; Goncharov, M.; Goncharov, P. I.; Gordon, A.; Gorelov, I.; Goshaw, A. T.; Gotra, Y.; Goulianos, Konstantin; Gounder, K.; Goussiou, A.; Grannis, P. D.; Green, C.; Greenlee, H.; Greenwood, Z. D.; Gresele, A.; Grinstein, S.; Groer, L.; Grosso-Pilcher, C.; Grünendahl, S.; Grunewald, M. W.; Guenther, M.; Guillian, G.; Guimaraes da Costa, J.; Guo, R. S.; Gurzhiev, S. N.; Gutierrez, G.; Gutierrez, P.; Haas, R. M.; Haber, C.; Hadley, N. J.; Hafen, E.; Haggerty, H.; Hagopian, Sharon L.; Hagopian, Vasken; Hahn, S. R.; Halkiadakis, Eva; Hall, C.; Hall, R. E.; Han, C.; Handa, T.; Handler, R.; Hansen, S.; Hao, W.; Happacher, F.; Hara, K.; Hardman, A. D.; Harris, R. M.; Hartmann, F.; Hatakeyama, K.; Hauptman, J. M.; Hauser, J.; Hebert, C.; Hedin, D.; Heinrich, J.; Heinmiller, J. M.; Heinson, A. P.; Heintz, U.; Heiss, A.; Hennecke, M.; Herndon, M.; Hildreth, M. D.; Hill, C.; Hirosky, R.; Hobbs, J. D.; Hocker, A.; Hoeneisen, B.; Hoffman, K. D.; Holck, C.; Hollebeek, R.; Holloway, L.; Hou, S.; Huang, J.; Huang, Y.; Huffman, B. T.; Hughes, R.; Huston, J.; Huth, J.; Iashvili, I.; Illingworth, R.; Ikeda, H.; Issever, C.; Incandela, J.; Introzzi, G.; Iori, M.; Ito, A. S.; Ivanov, A.; Iwai, J.; Iwata, Y.; Iyutin, B.; Jaffré, M.; Jain, S.; Jain, V.; James, E.; Jensen, H.; Jesik, R.; Johns, K.; Johnson, M.; Jonckheere, A.; Jones, M.; Joshi, U.; Jöstlein, H.; Juste, A.; Kahl, W.; Kahn, S.; Kajfasz, Eric; Kalinin, A. M.; Kambara, H.; Karmanov, D.; Karmgard, D.; Kamon, T.; Kaneko, T.; Kang, J.; Karagoz Unel, M.; Karr, K.; Kartal, S.; Kasha, H.; Kato, Y.; Keaffaber, T. A.; Kelley, K.; Kelly, M.; Kehoe, R.; Kennedy, R. D.; Kephart, R.; Kesisoglou, S.; Khanov, A.; Khazins, D.; Kharchilava, A.; Kikuchi, T.; Kilminster, B.; Kim, B. J.; Kim, D. H.; Kim, H. S.; Kim, M. J.; Kim, S. B.; Kim, S. H.; Kim, T. H.; Kim, Y. K.; Kirby, M.; Kirk, M.; Kirsch, L.; Klima, B.; Klimenko, S.; Koehn, P.; Kohli, J. M.; Kondo, K.; Kongeter, A.; Konigsberg, J.; Kordas, Kostas; Korn, A.; Korytov, A.; Kostritskiy, A. V.; Kotcher, J.; Kothari, B.; Kotwal, A. V.; Kovács, Eve V.; Kozelov, A. V.; Kozlovsky, E. A.; Krane, J.; Krishnaswamy, M. R.; Krivkova, P.; Kroll, J.; Kruse, M.; Krutelyov, V.; Krzywdzinski, S.; Kubantsev, M.; Kuhlmann, S. E.; Kuleshov, S.; Kulik, Y.; Kunori, S.; Kupco, A.; Kurino, K.; Kuwabara, T.; Kuznetsov, V. E.; Kuznetsova, N.; Laasanen, A. T.; Lai, N.; Lami, S.; Lammel, S.; Lamoureux, J. I.; Lancaster, J.; Lancaster, M.; Lannon, K.; Lander, R.; Landsberg, G.; Lath, A.; Latino, G.; LeCompte, T.; Lee, A. M.; Le, Y.; Lee, J.; Lee, K.; Lee, S. W.; Lee, W. M.; Leflat, A.; Lehner, F.; Leonardo, N.; Leone, S.; Leonidopoulos, C.; Lewis, J. D.; Li, J.; Li, K.; Li, Q. Z.; Lima, J. G. R.; Lin, C. S.; Lincoln, D.; Lindgren, M.; Linn, S. L.; Linnemann, J.; Lipton, R.; Liss, T. M.; Liu, J. B.; Liu, T.; Liu, Y. C.; Litvintsev, D. O.; Lockyer, N. S.; Loginov, A.; Loken, J.; Loreti, M.; Lucchesi, D.; Lueking, L.; Lukens, P.; Lundstedt, C.; Luo, C.; Lusin, S.; Lyons, L.; Lys, J.; Maciel, A. K. A.; Madaras, R. J.; Madrak, R.; Maeshima, K.; Maksimovic, P.; Malferrari, L.; Malyshev, V. L.; Manankov, V.; Mangano, M.; Manca, G.; Mao, H. S.; Mariotti, M.; Marshall, T.; Martignon, G.; Martin, A.; Martin, M.; Martin, M. I.; Martin, V.; Martinez, M.; Matthews, J. A. J.; Mattingly, S. E. K.; Mayer, J.; Mayorov, A. A.; Mazzanti, P.; McCarthy, R.; McFarland, K. S.; McIntyre, P.; McKigney, E.; McMahon, T.; Melanson, H. L.; Melnitchouk, A.; Menguzzato, M.; Menzione, A.; Merkel, P.; Merkin, M.; Merritt, K. W.; Mesropian, C.; Meyer, A.; Miao, C.; Miao, T.; Miettinen, H.; Mihalcea, D.; Miller, R.; Miller, J. S.; Minato, H.; Miscetti, S.; Mishina, M.; Mitselmakher, G.; Moggi, N.; Mokhov, N.; Mondal, N. K.; Montgomery, H. E.; Moore, E.; Moore, R.; Moore, R. W.; Morita, Y.; Moulik, T.; Mukherjee, A.; Mulhearn, M.; Muller, T.; Munar, A.; Murat, P.; Murgia, S.; Musy, M.; Mutaf, Y. D.; Nachtman, J.; Nahn, S.; Nakada, H.; Nakaya, T.; Nakano, I.; Napora, R.; Nagy, E.; Narain, M.; Narasimham, V. S.; Naumann, N. A.; Neal, H. A.; Negret, J. P.; Nelson, C.; Nelson, S.; Nelson, T.; Neu, C.; Neubauer, M. S.; Neuberger, D.; Newman-Holmes, C.; Ngan, C. -Y P.; Nicolaidi, P.; Niell, F.; Nigmanov, T.; Niu, H.; Nodulman, L.; Nomerotski, A.; Nunnemann, T.; Neil, D. O.; Oguri, V.; Oh, S. H.; Oh, Y. D.; Ohmoto, T.; Ohsugi, T.; Oishi, R.; Okusawa, T.; Olsen, J.; Orejudos, W.; Oshima, N.; Padley, P.; Pagliarone, C.; Palmonari, F.; Paoletti, R.; Papadimitriou, Vaia; Pappas, S. P.; Parashar, N.; Partos, D.; Partridge, R.; Parua, N.; Patrick, J.; Patwa, A.; Pauletta, G.; Paulini, M.; Pauly, T.; Paus, C.; Pellett, D.; Penzo, A.; Pescara, L.; Peters, O.; Pétroff, P.; Phillips, T. J.; Piacentino, G.; Piedra, J.; Piegaia, R.; Pitts, K. T.; Plunkett, R.; Pompoš, A.; Pondrom, L.; Pope, B. G.; Pope, G.; Popovic, M.; Poukhov, O.; Pratt, T.; Prokoshin, F.; Prosper, H. B.; Protopopescu, S.; Proudfoot, J.; Przybycien, M. B.; Ptohos, Fotios; Pukhov, O.; Punzi, G.; Qian, J.; Rademacker, J.; Rajagopalan, S.; Ragan, K.; Rakitine, A.; Rapidis, P. A.; Ratnikov, F.; Ray, H.; Reay, N. W.; Reher, D.; Reichold, A.; Renton, P.; Rescigno, M.; Reucroft, S.; Ridel, M.; Ribon, A.; Riegler, W.; Rijssenbeek, M.; Rimondi, F.; Ristori, L.; Riveline, M.; Rizatdinova, F.; Robertson, W. J.; Robinson, A.; Rockwell, T.; Rodrigo, T.; Rolli, S.; Rosenson, L.; Roser, R.; Rossin, R.; Rott, C.; Roy, A.; Royon, C.; Rubinov, P.; Ruchti, R.; Ruiz, A.; Ryan, D.; Sabirov, B. M.; Safonov, A.; Sajot, G.; Denis, R. S.; Sakumoto, W. K.; Saltzberg, D.; Sanchez, C.; Sansoni, A.; Santi, L.; Santoro, A.; Sarkar, S.; Sato, H.; Savard, P.; Savoy-Navarro, A.; Sawyer, L.; Schamberger, R. D.; Schellman, H.; Schlabach, P.; Schmidt, E. E.; Schmidt, M. P.; Schmitt, M.; Schwartzman, A.; Scodellaro, L.; Scott, A.; Scribano, A.; Sedov, A.; Segler, S.; Seidel, S.; Seiya, Y.; Semenov, A.; Semeria, F.; Shabalina, E.; Shah, T.; Shapiro, M. D.; Shepard, P. F.; Shibayama, T.; Shimojima, M.; Shivpuri, R. K.; Shochet, M.; Shpakov, D.; Shupe, M.; Sidwell, R. A.; Sidoti, A.; Siegrist, J.; Signorelli, G.; Sill, A.; Simak, V.; Sinervo, P.; Singh, P.; Sirotenko, V.; Slattery, P.; Slaughter, A. J.; Sliwa, K.; Smith, C.; Smith, R. P.; Snider, F. D.; Snihur, R.; Snow, G. R.; Snow, J.; Snyder, S.; Solodsky, A.; Solomon, J.; Song, Y.; Sorín, V.; Sosebee, M.; Sotnikova, N.; Soustruznik, K.; Souza, M.; Spalding, J.; Speer, T.; Spezziga, M.; Sphicas, Paris A.; Spinella, F.; Spiropulu, Maria; Spiegel, L.; Stanton, N. R.; Stefanini, A.; Stoker, D.; Stolin, V.; Stone, A.; Stoyanova, D. A.; Strang, M. A.; Strauss, M.; Strologas, John; Strovink, M.; Strumia, F.; Stuart, D.; Stutte, L.; Sukhanov, A.; Sumorok, K.; Suzuki, T.; Sznajder, A.; Takano, T.; Takashima, R.; Takikawa, K.; Talby, M.; Tamburello, P.; Tanaka, M.; Tannenbaum, B.; Taylor, W.; Tecchio, M.; Tesarek, R. J.; Teng, P. K.; Tentindo-Repond, S.; Terashi, K.; Tether, S.; Theriot, D.; Thom, J.; Thompson, A. S.; Thomson, E.; Thurman-Keup, R.; Tipton, P.; Tkaczyk, S.; Toback, D.; Tollefson, K.; Tollestrup, A.; Tonelli, D.; Tönnesmann, M.; Toyoda, H.; Trippe, T. G.; Trischuk, W.; de Trocóniz, J. F.; Tseng, J.; Tsybychev, D.; Turcot, A. S.; Turini, N.; Tuts, P. M.; Ukegawa, F.; Unverhau, T.; Vaiciulis, T.; Valls, J.; van Kooten, R.; Vaniev, V.; Varelas, Nikos; Varganov, A.; Vataga, E.; Vejcik, S.; Velev, G.; Veramendi, G.; Vidal, R.; Vila, I.; Vilar, R.; Villeneuve-Seguier, F.; Volkov, A. A.; Volobouev, I.; von der Mey, M.; Vorobiev, A. P.; Vucinic, D.; Wagner, R. G.; Wagner, R. L.; Wagner, W.; Wahl, H. D.; Wahl, J.; Wallace, N. B.; Walsh, A. M.; Wan, Z.; Wang, C.; Wang, C. H.; Wang, M. J.; Wang, S. M.; Wang, Z. -M; Warchol, J.; Ward, B.; Waschke, S.; Watanabe, T.; Waters, D.; Watts, G.; Watts, T.; Wayne, M.; Webb, R.; Weber, M.; Weerts, H.; Wenzel, H.; Wester III, W. C.; White, A.; Whitehouse, B.; Whiteson, D.; Wicklund, A. B.; Wicklund, E.; Wijngaarden, D. A.; Williams, H. H.; Wilson, P.; Willis, S.; Winer, B. L.; Wimpenny, S. J.; Winn, D.; Wolbers, S.; Wolinski, D.; Wolinski, J.; Wolinski, S.; Wolter, M.; Womersley, J.; Wood, D. R.; Worm, S.; Wu, X.; Würthwein, F.; Wyss, J.; Xu, Q.; Yamada, R.; Yang, U. K.; Yagil, A.; Yao, W.; Yasuda, T.; Yatsunenko, Y. A.; Yeh, G. P.; Yeh, P.; Yi, K.; Yip, K.; Yoh, J.; Yosef, C.; Yoshida, T.; Yu, I.; Yu, J.; Yu, S.; Yu, Z.; Yun, J. C.; Zanabria, M.; Zanello, L.; Zanetti, A.; Zetti, F.; Zhang, X.; Zhou, B.; Zhou, Z.; Zielinski, M.; Zieminska, D.; Zieminski, A.; Zucchelli, S.; Zutshi, V.; Zverev, E. G.; Zylberstejn, A.; Crépé-Renaudin, S. (2004)
      The results based on 1992-95 data (Run 1) from the CDF and D0 experiments on the measurements of the W boson mass and width are presented, along with the combined results. We report a Tevatron collider average M W = 80.456 ...
    • Article  

      A combined LS-SVM & MLR QSAR workflow for predicting the inhibition of CXCR3 receptor by quinazolinone analogs 

      Afantitis, Antreas; Melagraki, G.; Sarimveis, H.; Koutentis, Panayiotis Andreas; Igglessi-Markopoulou, O.; Kollias, G. (2010)
      AnovelQSARworkflowis constructed that combines MLR with LS-SVM classification techniques for the identification of quinazolinone analogs as "active" or "nonactive" CXCR3 antagonists. The accuracy of the LS-SVM classification ...
    • Article  

      Crystallographic and computational studies on 4-phenyl-N-(β-D- glucopyranosyl)-1H-1,2, 3-triazole-1-acetamide, an inhibitor of glycogen phosphorylase: Comparison with α-D-glucose, N-acetyl-β-D- glucopyranosylamine and N-benzoyl-N′-β-D-glucopyranosyl urea binding 

      Alexacou, Kyra Melinda; Hayes, Joseph M.; Tiraidis, Costas; Zographos, Spyros E.; Leonidas, Demetres D.; Chrysina, Evangelia D.; Archontis, Georgios Z.; Oikonomakos, Nikos G.; Paul, J. V.; Varghese, B.; Loganathan, D. (2008)
      4-Phenyl-N-(β-D-glucopyranosyl)-1H-1,2,3-triazole-1-acetamide (glucosyltriazolylacetamide) has been studied in kinetic and crystallographic experiments with glycogen phosphorylase b (GPb), in an effort to utilize its ...
    • Article  

      Effect of angle strain in conjugated cycloaikenylidenes. Singlet- triplet splitting of cyclobutenylidene and its ground-state intramolecular rearrangements 

      Nicolaïdes, Andrew N.; Matsushita, Takashi; Tomioka, H. (1999)
      The singlet and triplet states of cyclobutenylidene, cyclopenten-3- ylidene, cyclohexen,3-ylidene, and cyclohepten-3-ylidene and some of their isomers (cyclohexen-4-ylidene, cyclohepten-4-ylidene, and cyclohepten-5- ylidene) ...
    • Article  

      Effects of monovalent anions of the Hofmeister series on DPPC lipid bilayers part II: Modeling the perpendicular and lateral equation-of-state 

      Leontidis, Epameinondas; Aroti, Andria; Belloni, L.; Dubois, M.; Zemby, T. (2007)
      The effects of Hofmeister anions on the perpendicular and lateral equation-of-state (EOS) of the dipalmitoylphosphatidylcholine lamellar phase discussed in the companion article are here examined using appropriate free ...
    • Article  

      High and low resolution theories of protein electron transfer 

      Skourtis, Spiros S.; Beratan, David N. (1997)
      Protein-mediated electronic interactions facilitate biological electron transfer (ET) reactions. Theory and experiment are being used extensively to establish atomic-scale descriptions of these reactions. The last 20 years ...
    • Article  

      Implications of HIV-1 M group polymorphisms on integrase inhibitor efficacy and resistance: Genetic and structural in silico analyses 

      Loizidou, Eriketi Z.; Kousiappa, Ioanna; Zeinalipour-Yazdi, Constantinos D.; Van De Vijver, D. A. M. C.; Kostrikis, Leontios G. (2009)
      The extensive polymorphisms among HIV-1 subtypes have been implicated in drug resistance development. Integrase inhibitors represent the latest addition to the treatment of HIV-1, and their efficacy and resistance patterns ...
    • Article  

      Implications of HIV-1 M group polymorphisms on integrase inhibitor efficacy and resistance: Genetic and structural in silico analyses 

      Loizidou, Eriketi Z.; Kousiappa, Ioanna; Zeinalipour-Yazdi, Constantinos D.; Van De Vijver, D. A. M. C.; Kostrikis, Leontios G. (2009)
      The extensive polymorphisms among HIV-1 subtypes have been implicated in drug resistance development. Integrase inhibitors represent the latest addition to the treatment of HIV-1, and their efficacy and resistance patterns ...
    • Article  

      Investigation of substituent effect of 1-(3,3-diphenylpropyl)-piperidinyl phenylacetamides on CCR5 binding affinity using QSAR and virtual screening techniques 

      Afantitis, Antreas; Melagraki, G.; Sarimveis, H.; Koutentis, Panayiotis Andreas; Markopoulos, J.; Igglessi-Markopoulou, O. (2006)
      A linear quantitative-structure activity relationship model is developed in this work using Multiple Linear Regression Analysis as applied to a series of 51 1-(3,3-diphenylpropyl)-piperidinyl phenylacetamides derivatives ...
    • Article  

      LiSIs: An online scientific workflow system for virtual screening 

      Kannas, Christos C.; Kalvari, Ioanna; Lambrinidis, George; Neophytou, Christiana M.; Savva, Christiana G.; Kirmitzoglou, Ioannis K.; Antoniou, Zinonas C.; Achilleos, Kleo G.; Scherf, D.; Pitta, Chara A.; Nicolaou, Christos A.; Mikros, Emmanuel; Promponas, Vasilis J.; Gerhauser, C.; Mehta, R. G.; Constantinou, Andreas I.; Pattichis, Constantinos S. (2015)
      Modern methods of drug discovery and development in recent years make a wide use of computational algorithms. These methods utilise Virtual Screening (VS), which is the computational counterpart of experimental screening. ...
    • Article  

      LiSIs: An online scientific workflow system for virtual screeningAAA 

      Kannas, Christos C.; Kalvari, Ioanna; Lambrinidis, George; Neophytou, Christiana M.; Savva, Christiana G.; Kirmitzoglou, Ioannis K.; Antoniou, Zinonas C.; Achilleos, Kleo G.; Scherf, D.; Pitta, Chara A.; Nicolaou, Christos A.; Mikros, Emmanuel; Promponas, Vasilis J.; Gerhauser, C.; Mehta, R. G.; Constantinou, Andreas I.; Pattichis, Constantinos S. (2015)
      Modern methods of drug discovery and development in recent years make a wide use of computational algorithms. These methods utilise Virtual Screening (VS), which is the computational counterpart of experimental screening. ...
    • Article  

      Modeling hologenome imbalances in inflammation and cancer 

      Apidianakis, Yiorgos; Ferrandon, D. (2014)
    • Article  

      Probing nitrite coordination in horseradish peroxidase by resonance Raman spectroscopy: Detection of two binding sites 

      Ioannou, Androulla; Pinakoulaki, Eftychia (2017)
      Nitrite is a powerful oxidant that affects the activity of peroxidases towards various substrates and leads to heme macrocycle modifications in members of the peroxidase family, such as the horseradish peroxidase (HRP). ...
    • Article  

      Search for the supersymmetric partner of the top quark in pp̄ collisions at √s=1.8 TeV 

      Affolder, T.; Akimoto, H.; Akopian, A.; Albrow, M. G.; Amaral, P.; Amendolia, S. R.; Amidei, D.; Anikeev, K.; Antos, J.; Apollinari, G.; Arisawa, T.; Asakawa, T.; Ashmanskas, W.; Azfar, F.; Azzi-Bacchetta, P.; Bacchetta, N.; Bailey, M. W.; Bailey, S.; de Barbaro, P.; Barbaro-Galtieri, A.; Barnes, V. E.; Barnett, B. A.; Baroiant, S.; Barone, M.; Bauer, G.; Bedeschi, F.; Belforte, S.; Bell, W. H.; Bellettini, G.; Bellinger, J.; Benjamin, D.; Bensinger, J.; Beretvas, Andrew; Berge, J. P.; Berryhill, J.; Bevensee, B.; Bhatti, A.; Binkley, M.; Bisello, D.; Bishai, M.; Blair, R. E.; Blocker, C.; Bloom, K.; Blumenfeld, B.; Blusk, S. R.; Bocci, A.; Bodek, A.; Bokhari, W.; Bolla, G.; Bonushkin, Yu Ye; Bortoletto, D.; Boudreau, J.; Brandl, A.; van den Brink, S.; Bromberg, C.; Brozovic, M.; Bruner, N.; Buckley-Geer, E.; Budagov, J.; Budd, H. S.; Burkett, K.; Busetto, G.; Byon-Wagner, A.; Byrum, K. L.; Calafiura, P.; Campbell, M.; Carithers, W.; Carlson, J.; Carlsmith, D.; Caskey, W.; Cassada, J.; Castro, A.; Cauz, D.; Cerri, A.; Chan, A. W.; Chang, P. S.; Chang, P. T.; Chapman, J.; Chen, C.; Chen, Y. C.; Cheng, M. -T; Chertok, M.; Chiarelli, G.; Chirikov-Zorin, I.; Chlachidze, G.; Chlebana, F.; Christofek, L.; Chu, M. L.; Chung, Y. S.; Ciobanu, C. I.; Clark, A. G.; Connolly, A.; Conway, J.; Cordelli, M.; Cranshaw, J.; Cronin-Hennessy, D.; Cropp, R.; Culbertson, R.; Dagenhart, D.; D'Auria, S.; DeJongh, F.; Dell'Agnello, Simone; Dell'Orso, M.; Demortier, L.; Deninno, M.; Derwent, P. F.; Devlin, T.; Dittmann, J. R.; Donati, S.; Done, J.; Dorigo, T.; Eddy, N.; Einsweiler, K.; Elias, John E.; Engels, Eugene; Errede, D.; Errede, S.; Fan, Q.; Feild, R. G.; Fernandez, J. P.; Ferretti, C.; Field, R. D.; Fiori, I.; Flaugher, B.; Foster, G. W.; Franklin, M.; Freeman, J.; Friedman, J.; Fukui, Y.; Furic, I.; Galeotti, S.; Gallinaro, M.; Gao, T.; Garcia-Sciveres, M.; Garfinkel, A. F.; Gatti, P.; Gay, C.; Gerdes, D. W.; Giannetti, P.; Giromini, P.; Glagolev, V.; Gold, M.; Goldstein, J.; Gordon, A.; Gorelov, I.; Goshaw, A. T.; Gotra, Y.; Goulianos, Konstantin; Green, C.; Grim, G.; Gris, P.; Groer, L.; Grosso-Pilcher, C.; Guenther, M.; Guillian, G.; Guimaraes da Costa, J.; Haas, R. M.; Haber, C.; Hafen, E.; Hahn, S. R.; Hall, C.; Handa, T.; Handler, R.; Hao, W.; Happacher, F.; Hara, K.; Hardman, A. D.; Harris, R. M.; Hartmann, F.; Hatakeyama, K.; Hauser, J.; Heinrich, J.; Heiss, A.; Herndon, M.; Hill, C.; Hoffman, K. D.; Holck, C.; Hollebeek, R.; Holloway, L.; Hughes, R.; Huston, J.; Huth, J.; Ikeda, H.; Incandela, J.; Introzzi, G.; Iwai, J.; Iwata, Y.; James, E.; Jensen, H.; Jones, M.; Joshi, U.; Kambara, H.; Kamon, T.; Kaneko, T.; Karr, K.; Kasha, H.; Kato, Y.; Keaffaber, T. A.; Kelley, K.; Kelly, M.; Kennedy, R. D.; Kephart, R.; Khazins, D.; Kikuchi, T.; Kilminster, B.; Kim, B. J.; Kim, D. H.; Kim, H. S.; Kim, M. J.; Kim, S. H.; Kim, Y. K.; Kirby, M.; Kirk, M.; Kirsch, L.; Klimenko, S.; Koehn, P.; Köngeter, A.; Kondo, K.; Konigsberg, J.; Kordas, K.; Korn, A.; Korytov, A.; Kovács, Eve V.; Kroll, J.; Kruse, M.; Kuhlmann, S. E.; Kurino, K.; Kuwabara, T.; Laasanen, A. T.; Lai, N.; Lami, S.; Lammel, S.; Lamoureux, J. I.; Lancaster, J.; Lancaster, M.; Lander, R.; Latino, G.; LeCompte, T.; Lee, A. M.; Lee, K.; Leone, S.; Lewis, J. D.; Lindgren, M.; Liss, T. M.; Liu, J. B.; Liu, Y. C.; Lockyer, N.; Loken, J.; Loreti, M.; Lucchesi, D.; Lukens, P.; Lusin, S.; Lyons, L.; Lys, J.; Madrak, R.; Maeshima, K.; Maksimovic, P.; Malferrari, L.; Mangano, M.; Mariotti, M.; Martignon, G.; Martin, A.; Matthews, J. A. J.; Mayer, J.; Mazzanti, P.; McFarland, K. S.; McIntyre, P.; McKigney, E.; Menguzzato, M.; Menzione, A.; Mesropian, C.; Meyer, A.; Miao, T.; Miller, R.; Miller, J. S.; Minato, H.; Miscetti, S.; Mishina, M.; Mitselmakher, G.; Moggi, N.; Moore, E.; Moore, R.; Morita, Y.; Moulik, T.; Mulhearn, M.; Mukherjee, A.; Muller, T.; Munar, A.; Murat, P.; Murgia, S.; Nachtman, J.; Nahn, S.; Nakada, H.; Nakaya, T.; Nakano, I.; Nelson, C.; Nelson, T.; Neu, C.; Neuberger, D.; Newman-Holmes, C.; Ngan, C. -Y P.; Niu, H.; Nodulman, L.; Nomerotski, A.; Oh, S. H.; Ohmoto, T.; Ohsugi, T.; Oishi, R.; Okusawa, T.; Olsen, J.; Orejudos, W.; Pagliarone, C.; Palmonari, F.; Paoletti, R.; Papadimitriou, Vaia; Pappas, S. P.; Partos, D.; Patrick, J.; Pauletta, G.; Paulini, M.; Paus, C.; Pescara, L.; Phillips, T. J.; Piacentino, G.; Pitts, K. T.; Pompos, A.; Pondrom, L.; Pope, G.; Popovic, M.; Prokoshin, F.; Proudfoot, J.; Ptohos, Fotios; Pukhov, O.; Punzi, G.; Ragan, K.; Rakitine, A.; Reher, D.; Reichold, A.; Ribon, A.; Riegler, W.; Rimondi, F.; Ristori, L.; Riveline, M.; Robertson, W. J.; Robinson, A.; Rodrigo, T.; Rolli, S.; Rosenson, L.; Roser, R.; Rossin, R.; Roy, A.; Safonov, A.; Denis, R. S.; Sakumoto, W. K.; Saltzberg, D.; Sanchez, C.; Sansoni, A.; Santi, L.; Sato, H.; Savard, P.; Schlabach, P.; Schmidt, E. E.; Schmidt, M. P.; Schmitt, M.; Scodellaro, L.; Scott, A.; Scribano, A.; Segler, S.; Seidel, S.; Seiya, Y.; Semenov, A.; Semeria, F.; Shah, T.; Shapiro, M. D.; Shepard, P. F.; Shibayama, T.; Shimojima, M.; Shochet, M.; Siegrist, J.; Signorelli, G.; Sill, A.; Sinervo, P.; Singh, P.; Slaughter, A. J.; Sliwa, K.; Smith, C.; Snider, F. D.; Solodsky, A.; Spalding, J.; Speer, T.; Sphicas, Paris A.; Spinella, F.; Spiropulu, Maria; Spiegel, L.; Steele, J.; Stefanini, A.; Strologas, John; Strumia, F.; Stuart, D.; Sumorok, K.; Suzuki, T.; Takano, T.; Takashima, R.; Takikawa, K.; Tamburello, P.; Tanaka, M.; Tannenbaum, B.; Taylor, W.; Tecchio, M.; Teng, P. K.; Terashi, K.; Tether, S.; Thompson, A. S.; Thurman-Keup, R.; Tipton, P.; Tkaczyk, S.; Tollefson, K.; Tollestrup, A.; Toyoda, H.; Trischuk, W.; de Trocóniz, J. F.; Tseng, J.; Turini, N.; Ukegawa, F.; Vaiciulis, T.; Valls, J.; Vataga-Pagliarone, E.; Vejcik, S.; Velev, G.; Vidal, R.; Vilar, R.; Volobouev, I.; Vucinic, D.; Wagner, R. G.; Wagner, R. L.; Wahl, J.; Wallace, N. B.; Walsh, A. M.; Wang, C.; Wang, M. J.; Watanabe, T.; Waters, D.; Watts, T.; Webb, R.; Wenzel, H.; Wester, W. C.; Wicklund, A. B.; Wicklund, E.; Wilkes, T.; Williams, H. H.; Wilson, P.; Winer, B. L.; Winn, D.; Wolbers, S.; Wolinski, D.; Wolinski, J.; Wolinski, S.; Worm, S.; Wu, X.; Wyss, J.; Yagil, A.; Yao, W.; Yeh, G. P.; Yeh, P.; Yoh, J.; Yosef, C.; Yoshida, T.; Yu, I.; Yu, S.; Yu, Z.; Zanetti, A.; Zetti, F.; Zucchelli, S. (2001)
      We report on a search for the supersymmetric partner of the top quark (top squark) produced in tt̄ events using 110 pb-1 of pp̄ collisions at √s = 1.8 TeV recorded with the Collider Detector at Fermilab. In the case of a ...
    • Article  

      Sequence evidence for common ancestry of eukaryotic endomembrane coatomers 

      Promponas, Vasilis J.; Katsani, K. R.; Blencowe, B. J.; Ouzounis, Christos A. (2016)
      Eukaryotic cells are defined by compartments through which the trafficking of macromolecules is mediated by large complexes, such as the nuclear pore, transport vesicles and intraflagellar transport. The assembly and ...
    • Article  

      Underlying event in hard interactions at the Fermilab Tevatron p̄p collider 

      Acosta, D.; Affolder, T.; Albrow, M. G.; Ambrose, D.; Amidei, D.; Anikeev, K.; Antos, J.; Apollinari, G.; Arisawa, T.; Artikov, A.; Ashmanskas, W.; Azfar, F.; Azzi-Bacchetta, P.; Bacchetta, N.; Bachacou, H.; Badgett, W.; Barbaro-Galtieri, A.; Barnes, V. E.; Barnett, B. A.; Baroiant, S.; Barone, M.; Bauer, G.; Bedeschi, F.; Behari, S.; Belforte, S.; Bell, W. H.; Bellettini, G.; Bellinger, J.; Benjamin, D.; Beretvas, Andrew; Bhatti, A.; Binkley, M.; Bisello, D.; Bishai, M.; Blair, R. E.; Blocker, C.; Bloom, K.; Blumenfeld, B.; Bocci, A.; Bodek, A.; Bolla, G.; Bolshov, A.; Bortoletto, D.; Boudreau, J.; Bromberg, C.; Brubaker, E.; Budagov, J.; Budd, H. S.; Burkett, K.; Busetto, G.; Byrum, K. L.; Cabrera, S.; Campbell, M.; Carithers, W.; Carlsmith, D.; Castro, A.; Cauz, D.; Cerri, A.; Cerrito, L.; Chapman, J.; Chen, C.; Chen, Y. C.; Chertok, M.; Chiarelli, G.; Chlachidze, G.; Chlebana, F.; Chu, M. L.; Chung, J. Y.; Chung, W. H.; Chung, Y. S.; Ciobanu, C. I.; Clark, A. G.; Coca, M.; Connolly, A.; Convery, M.; Conway, J.; Cordelli, M.; Cranshaw, J.; Culbertson, R.; Dagenhart, D.; D'Auria, S.; de Barbaro, P.; de Cecco, S.; Dell'Agnello, Simone; Dell'Orso, M.; Demers, S.; Demortier, L.; Deninno, M.; de Pedis, D.; Derwent, P. F.; Dionisi, Carlo; Dittmann, J. R.; Dominguez, A.; Donati, S.; D'Onofrio, M.; Dorigo, T.; Eddy, N.; Erbacher, R.; Errede, D.; Errede, S.; Eusebi, R.; Farrington, S.; Feild, R. G.; Fernandez, J. P.; Ferretti, C.; Field, R. D.; Fiori, I.; Flaugher, B.; Flores-Castillo, L. R.; Foster, G. W.; Franklin, M.; Friedman, J.; Furic, I.; Gallinaro, M.; Garcia-Sciveres, M.; Garfinkel, A. F.; Gay, C.; Gerdes, D. W.; Gerstein, E.; Giagu, S.; Giannetti, P.; Giolo, K.; Giordani, M.; Giromini, P.; Glagolev, V.; Glenzinski, D.; Gold, M.; Goldschmidt, N.; Goldstein, J.; Gomez, G.; Goncharov, M.; Gorelov, I.; Goshaw, A. T.; Gotra, Y.; Goulianos, Konstantin; Gresele, A.; Grosso-Pilcher, C.; Guenther, M.; Guimaraes da Costa, J.; Haber, C.; Hahn, S. R.; Halkiadakis, Eva; Handler, R.; Happacher, F.; Hara, K.; Harris, R. M.; Hartmann, F.; Hatakeyama, K.; Hauser, J.; Heinrich, J.; Hennecke, M.; Herndon, M.; Hill, C.; Hocker, A.; Hoffman, K. D.; Hou, S.; Huffman, B. T.; Hughes, R.; Huston, J.; Issever, C.; Incandela, J.; Introzzi, G.; Iori, M.; Ivanov, A.; Iwata, Y.; Iyutin, B.; James, E.; Jones, M.; Kamon, T.; Kang, J.; Karagoz Unel, M.; Kartal, S.; Kasha, H.; Kato, Y.; Kennedy, R. D.; Kephart, R.; Kilminster, B.; Kim, D. H.; Kim, H. S.; Kim, M. J.; Kim, S. B.; Kim, S. H.; Kim, T. H.; Kim, Y. K.; Kirby, M.; Kirsch, L.; Klimenko, S.; Koehn, P.; Kondo, K.; Konigsberg, J.; Korn, A.; Korytov, A.; Kroll, J.; Kruse, M.; Krutelyov, V.; Kuhlmann, S. E.; Kuznetsova, N.; Laasanen, A. T.; Lami, S.; Lammel, S.; Lancaster, J.; Lannon, K.; Lancaster, M.; Lander, R.; Lath, A.; Latino, G.; LeCompte, T.; Le, Y.; Lee, J.; Lee, S. W.; Leonardo, N.; Leone, S.; Lewis, J. D.; Li, K.; Lin, C. S.; Lindgren, M.; Liss, T. M.; Liu, T.; Litvintsev, D. O.; Lockyer, N. S.; Loginov, A.; Loreti, M.; Lucchesi, D.; Lukens, P.; Lyons, L.; Lys, J.; Madrak, R.; Maeshima, K.; Maksimovic, P.; Malferrari, L.; Mangano, M.; Manca, G.; Mariotti, M.; Martin, M.; Martin, A.; Martin, V.; Martínez, M.; Mazzanti, P.; McFarland, K. S.; McIntyre, P.; Menguzzato, M.; Menzione, A.; Merkel, P.; Mesropian, C.; Meyer, A.; Miao, T.; Miller, R.; Miller, J. S.; Miscetti, S.; Mitselmakher, G.; Moggi, N.; Moore, R.; Moulik, T.; Mulhearn, M.; Mukherjee, A.; Muller, T.; Munar, A.; Murat, P.; Nachtman, J.; Nahn, S.; Nakano, I.; Napora, R.; Niell, F.; Nelson, C.; Nelson, T.; Neu, C.; Neubauer, M. S.; Newman-Holmes, C.; Nigmanov, T.; Nodulman, L.; Oh, S. H.; Oh, Y. D.; Ohsugi, T.; Okusawa, T.; Orejudos, W.; Pagliarone, C.; Palmonari, F.; Paoletti, R.; Papadimitriou, Vaia; Patrick, J.; Pauletta, G.; Paulini, M.; Pauly, T.; Paus, C.; Pellett, D.; Penzo, A.; Phillips, T. J.; Piacentino, G.; Piedra, J.; Pitts, K. T.; Pompoš, A.; Pondrom, L.; Pope, G.; Pratt, T.; Prokoshin, F.; Proudfoot, J.; Ptohos, Fotios; Poukhov, O.; Punzi, G.; Rademacker, J.; Rakitine, A.; Ratnikov, F.; Ray, H.; Reichold, A.; Renton, P.; Rescigno, M.; Rimondi, F.; Ristori, L.; Robertson, W. J.; Rodrigo, T.; Rolli, S.; Rosenson, L.; Roser, R.; Rossin, R.; Rott, C.; Roy, A.; Ruiz, A.; Ryan, D.; Safonov, A.; Denis, R. S.; Sakumoto, W. K.; Saltzberg, D.; Sanchez, C.; Sansoni, A.; Santi, L.; Sarkar, S.; Savard, P.; Savoy-Navarro, A.; Schlabach, P.; Schmidt, E. E.; Schmidt, M. P.; Schmitt, M.; Scodellaro, L.; Scribano, A.; Sefov, A.; Seidel, S.; Seiya, Y.; Semenov, A.; Semeria, F.; Shapiro, M. D.; Shepard, P. F.; Shibayama, T.; Shimojima, M.; Shochet, M.; Sidoti, A.; Sill, A.; Sinervo, P.; Slaughter, A. J.; Sliwa, K.; Snider, F. D.; Snihur, R.; Spezziga, M.; Spinella, F.; Spiropulu, Maria; Spiegel, L.; Stefanini, A.; Strologas, John; Stuart, D.; Sukhanov, A.; Sumorok, K.; Suzuki, T.; Takashima, R.; Takikawa, K.; Tanaka, M.; Tano, V.; Tecchio, M.; Tesarek, R. J.; Teng, P. K.; Terashi, K.; Tether, S.; Thom, J.; Thompson, A. S.; Thomson, E.; Tipton, P.; Tkaczyk, S.; Toback, D.; Tollefson, K.; Tonelli, D.; Tönnesmann, M.; Toyoda, H.; Trischuk, W.; Tseng, J.; Tsybychev, D.; Turini, N.; Ukegawa, F.; Unverhau, T.; Vaiciulis, T.; Varganov, A.; Vataga, E.; Vejcik, S.; Velev, G.; Veramendi, G.; Vidal, R.; Vila, I.; Vilar, R.; Volobouev, I.; von der Mey, M.; Wagner, R. G.; Wagner, R. L.; Wagner, W.; Wan, Z.; Wang, C.; Wang, M. J.; Wang, S. M.; Ward, B.; Waschke, S.; Waters, D.; Watts, T.; Weber, M.; Wester, W. C.; Whitehouse, B.; Wicklund, A. B.; Wicklund, E.; Williams, H. H.; Wilson, P.; Winer, B. L.; Wolbers, S.; Wolter, M.; Worm, S.; Wu, X.; Würthwein, F.; Yang, U. K.; Yao, W.; Yeh, G. P.; Yi, K.; Yoh, J.; Yoshida, T.; Yu, I.; Yu, S.; Yun, J. C.; Zanello, L.; Zanetti, A.; Zetti, F.; Zucchelli, S. (2004)
      For comparison of inclusive jet cross sections measured at hadron-hadron colliders to next-to-leading order (NLO) parton-level calculations, the energy deposited in the jet cone by spectator parton interactions must first ...